Fakultas Filsafat Universitas Gadjah Mada didirikan pada tanggal 18 Agustus 1967, dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Perguruan Tinggi Nomor 90/1967 Tanggal 7 Agustus 1967, dan pelaksanaan penerimaan mahasiswa serta perkuliahan dimulai pada tahun 1968. Gagasan untuk mendirikan Fakultas Filsafat tercetus terutama karena kebutuhan yang semakin mendesak dibidang pembinaan pendidikan pada umumnya, dan ilmu pengetahuan pada khususnya terutama ilmu pengetahuan dasar dan pengetahuan umum (studium generale). Hal ini di dasarkan pada suatu kenyataan bahwa ilmu filsafat mempunyai kedudukan yang sentral di dalam ilmu pengetahuan.
Fakultas Filsafat diharapkan dapat melahirkan para cendekiawan yang berpengetahuan mendasar dan menyeluruh. Disatu pihak mereka benar-benar terlatih untuk berfikir secara kritis, logis, integratif, dan di lain pihak mampu mengintegrasikan serta mengaplikasikan keahlian mereka masing-masing dalam kesatuan hidup, terutama pada  masyarakat negara Indonesia yang sedang membangun. Pengetahuan filsafat berlaku bukan hanya sebagai kelanjutan serta kelengkapan perkembangan mental dalam rangka keahlian secara pribadi, melainkan juga dalam konteks pembinaan dan pengembangan budaya masyarakat Indonesia.
Sebelum didirikannya Fakultas Filsafat secara mandiri, di lingkungan Universitas Gadjah Mada telah ada Fakultas Sastra, Paedagogik, dan Filsafat. Berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 37 tahun 1950 pasal 5 ayat (1) huruf (d) tertanggal 14 Agustus 1950 dinyatakan bahwa di UGM Fakultas Sastra, Paedagogik dan Filsafat terdiri dari: Bagian Sastra, Bagian Paedagogik, dan Bagian Filsafat yang disingkat SPF. Fakultas tersebut diresmikan pada tanggal 23 Januari 1951, dengan ketuanya Prof. Drs. Abdullah Sigit.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Pengajaran & Kebudayaan No. 5375 tanggal 15 September 1955, dibentuklah Gabungan Fakultas Umum dan Filsafat, dengan disertai penjelasan antara lain bahwa pembentukan Fakultas Umum ini dimaksudkan untuk memelihara dan menyelenggarakan kepentingan pendidikan dan pengajaran yang bersifat dasar dan pengetahuan umum (studium generale). Penggabungan kedua fakultas tersebut mengingat kedudukan Fakultas Filsafat di dalam Universitas Gadjah Mada, dan kedudukan ilmu filsafat yang sentral di dalam ilmu pengetahuan. Pimpinan Gabungan Fakultas Umum dan Filsafat periode 1958-1962 adalah: Dekan Prof. Drs. Notonagoro, S.H., Sekretaris Drs. Koento Wibisono.
Pada tahun 1961 dengan Surat Keputusan Menteri PTIP No. 32/1961 tanggal 8 Agustus 1961, Fakultas Filsafat ditiadakan dan kemudian disusul dengan Surat Keputusan Menteri PTIP No. 144/1962 tertanggal 27 November 1962 yang menyatakan bahwa Fakultas Umum dihapuskan. Berdasarkan Surat Keputusan Rektor UGM No. 1/1963 tanggal 25 Januari 1963, dibentuklah Biro Penyelenggaraan Kuliah-Kuliah Chusus di UGM, disingkat BPKKC, untuk menyelenggarakan tugas-tugas yang semula ditangani oleh Gabungan Fakultas Umum dan Fakultas Filsafat yang telah dibubarkan. Tugas BPKKC adalah memelihara dan menyelenggarakan kuliah: Filsafat, Ideologi Negara, Pendidikan Agama, Studium Generale di lingkungan Universitas Gadjah Mada. Tugas BPKKC telah dilaksanakan mulai tahun 1962. Pimpinan BPKKC 1963 –1966 adalah: Ketua Drs. Koento Wibisono, Wakil Ketua Drs. Soejono Soemargono.
Setelah Fakultas Filsafat UGM berdiri kembali pada berdasarkan SK Direktur Jenderal Perguruan Tinggi tanggal 7 Agustus 1967 Nomor: 90/1967, dan, dengan Keputusan Rektor UGM tanggal 23 September 1969 No. 44/1969 BPKKC diintegrasikan ke dalam Fakultas Filsafat yang berlaku sejak Januari 1969.